不打算在世界树下，进行一场魔幻般华丽的爱情吗？
我在做梦吗？为了告诉义妹小雪父亲失踪的消息，而登上的建有全寄宿制学园的岛……。被当作不法入侵者追赶的我，所受到的待遇是……叫做“魔法”的违背常识的攻击手段。
登上小岛最先遇到的，是名为アリシア的失忆少女……。叫做セーラ的女孩子愤怒地向我倾泻下施展出的电击魔法。要不是遇到了小雪……估计我肯定已经归西了。至此，我才了解到这座岛闭关自锁的理由。这是个远离尘世的魔法使的岛。
在高耸的世界树下，我经历了各种各样的邂逅。
丧失了记忆……如同初生的雏鸟般围着我转的アリシア。重逢后，再次开始照料我生活的义妹小雪。有着糟糕的相遇，把我视为眼中钉的高级魔法使セーラ。虽然身材娇小，但是做事尽心尽力的爱花的前辈，優花。小雪的好友，孪生学妹レナ和ニナ。人种……甚至超越次元的相遇，在我眼前开辟了崭新的道路。小小的相会的种子……以不久后绽放出盛大的花朵作为将来的目标。マギウステイル～世界樹と恋する魔法使い～，开始了……