時は現代。舞台は山あいにある古風な坂の町、逢辻市。

主人公の朱鷺森秀弥（ときもりしゅうや）は逢辻学園の天文部に所属する、ごく平凡な学生だった。
両親はなく、幼い頃から祖父母に育てられた彼は
星の世界に強く惹かれ、逢辻学園の天文部に所属していた。
天文部には秀弥の幼なじみの鳴海若菜、先輩の夏生妙子、後輩の七瀬香鈴、
そして顧問代理の永倉真子先生と、さわがしくも楽しい仲間と共に天体観測にいそしんでいる。

--ある夜、秀弥たちは妙な輝き方をする流星を目撃する。
「UFO?」
「人魂？」
流星目撃の熱も冷めやらぬ翌日、ひとりの転校生が逢辻学園にあらわれる。
冷たくも美しい彼女の名は渡部飛鳥。
人と距離をおくかのような彼女の言動、それでいて昔から秀弥を知っているかのような、
その態度に主人公たちは疑問を感じながら、それでも普段の学園生活を楽しんでいく。

しかし、飛鳥があらわれてから不思議なことが起こりはじめる。
突然、物が壊れたり、あるいはそれまでにそこにあった物が消失したりというように。
奇妙な出来事は、次第に頻度を増していく……。

そして最後に独りぼっちになった秀弥の前に現れる謎の転校生。

『あなたの刻が終わろうとしています』
--彼女は静かにそう告げた。